自风都塔建立30年以来，风都的和平持续了相当长一段时间。但是就在这个夏天，这座平静的城市再起波澜。一群本应死亡的Dopont突然出现在街头，对周遭进行大肆破坏。左翔太郎（桐山漣 饰）和飞利浦（菅田将暉 饰）合体变身为假面骑士W，风都警署警官照井龙（木ノ本嶺浩 饰）则化身假面骑士阿克塞尔，与入侵的Dopont进行殊死搏斗。在国际特务调查机关员玛丽亚•S•克兰贝蒂（杉本彩 饰）的协助下，正义战士们击退了入侵者，却发现他们原本都是佩戴了盖亚记忆体的普通市民。从玛丽亚的口中得知，国际重犯大道克己（松岡充 饰）及其邪恶组织“Never”的成员们劫持了编号A~Z的26个盖亚记忆体，他们更阴谋占领风都。　　一场激烈的正邪战争即将展开……

终于达成少年时代的梦想而成为宇宙飞行员的武藏，在参加好朋友务的婚礼时，于塞班岛遇上异星人夏乌和吉恩。夏乌和吉恩的故乡，因为遭受宇宙怪兽山多洛斯的攻击而被毁灭，他们来到地球的海底世界Blue Area，希望能够研究出让故乡自然再生的方法。然而，山多洛斯却与此同时派出侵略武器史寇比斯前来地球袭击，即使连K2护盾都抵挡不住了！威胁一步一步地逼近，大家都期盼消失已久的超人高斯再次出现……