故事发生在中世纪的日本，鑢七花（细谷佳正 配音）是一个外表强壮头脑简单的男子，生于武术世家的他背负着传承“虚刀流”的重任。从小到大，鑢七花便被当做一把刀来培养，这种变态的教育方式使得他最终走上了弑亲的悲剧道路。在奇策士咎儿（田村由加利 配音）的鼓动和怂恿下，鑢七花踏上了漫漫的修炼之路，他要找到锻制师四季崎记纪（森功至 配音）所锻造的12把名刀，来增强自己的实力。　　一路上，鑢七花遇上了各式各样的敌人，别无选择的他只得一一将他们斩杀。然而，当身边的亲人和朋友接连死去的时候，愚钝的鑢七花开始思考起作为一把刀的价值和意义。

樱碧草（高木礼子 配音）只是一个普通的国中生，没想到，未来的他居然成为了喜爱小女孩的萝莉控！不仅如此，他还发明了一种能让女孩子一直保持12岁模样的怪药，因为这种药，未来的世界发生了重大混乱。无奈之下，未来的世界派出了扑杀天使朵库罗（千叶纱子 配音），她的任务是要回到过去扑杀樱碧草以改变未来。可怜的樱碧草就这样不明就里的被狼牙棒打成了碎块，然而，随着一阵呢喃，樱碧草又复活了。明白了事情的原委后，樱碧草提出了一个不用将他杀死也可以改变未来的设想，朵库罗接受了这个设想，于是两人便开始了奇怪的同居生活。　　越来越多的扑杀天使从未来来到了现在，有看起来可怜兮兮的莎巴多（钉宫理惠 配音），外表成熟的莎库罗（渡边明乃 配音）等。而朵库罗现在的任务，就是保护樱碧草的人身安全。虽然樱碧草偶尔的会被打成肉酱，但是和天使在一起的幸福生活还是轰轰烈烈的开始了。

高中生四月一日君寻（福山润 配音）有着令他十分困扰的灵异体质，他总是能在不知不觉的情况下吸引大量的灵体。一日，偶然中他踏进了一间魔法商店，遇见了美丽神秘的店主壹原郁子（大原沙耶香 配音）。郁子告诉他这是一件帮人达成愿望的商店，四月一日君寻遂许下了希望能解除特异体质的愿望，可是这愿望售价昂贵，四月一日君寻不得不在店里打工来付清欠款。此间，他结实了沉默寡言的白目鬼静（中井和哉 配音）、厄运缠身的九轩葵（伊藤静 配音），以及一只造型怪异的名叫魔可拿的宠物。　　在打工的过程中，四月一日君寻接触了一系列与愿望有关的事件，他发现，这个世上有好的愿望，有坏的愿望，有单纯的愿望，却也有无论如何努力都无法达成的愿望。人性、命运、必然、偶然，这一切都在店主壹原郁子的掌控之中。

在商业区附近的某条商店街角落，有栋挂着狗招牌的住商混合大楼，那间店就在那里的地下一楼。门上画了猫咪图案的餐馆──“猫咪西餐厅”。创业五十年以来，一直持续满足商业区上班族们的胃。虽然是西餐厅，但西餐以外的菜单也非常丰富，是间只有这点勉强称得上特征的普通餐厅。　　这么一间不起眼的小餐厅，在每周六都会对外公休，但是其实在这天都要迎接“异世界客人”的光顾：每到这天，店内的墙上就会出现一道门，这群客人不论是人族、魔族、鬼族、精灵族、蜥蜴人族、吸血鬼族、兽人、传说的魔龙（！？），都会从“门内”光临！　　那些触动来客铃、无论出身还是种族都五花八门的访客们追求的，是极为稀奇又不可思议的美味料理。不对，那些都是商业区的人早已看惯并吃惯的料理。不过对“星期六的客人”＝“某个世界的人们”来说，全都是前所未闻的料理。“某个世界”的人们，将能端出特别极品料理的“猫餐厅”称作──“异世界食堂”。这个星期，来客铃的铃声也将再次响起！

高中生四月一日君寻（福山润 配音），有着异于常人的体质，他可以看到并且吸引各种鬼怪。他身边的好友百目鬼（中井和哉 配音）和小葵（伊藤静 配音）都是特殊能力者，百目鬼有着驱除妖魔的能力，而小葵则有招来厄运的体质。在命运的牵引下，四月一日闯进了壹原侑子（大原沙耶香 配音）的店里，这是一家可以帮人实现任何愿望的店，但是委托人必须付出对等代价。于是四月一日委托侑子帮他远离鬼怪，作为代价，他留在店里打工。随后，他又结识了一个少女灵能力者，五月七日小羽。　　因为长期留在店里打工，四月一日穿越在次元间，接触到各种不思议现象。而在这一季中，四月一日有了更多切身的经历，他更加清晰地看到了自己和身边人之间息息相关的命运。梦境与现实，前世与未来，原来一切都正如侑子所说的——这个世上没有什么偶然，有的只有必然……

原作ライトノベルは中高生を中心に絶大な人気を誇り、テレビアニメも大好評の「灼眼のシャナ」。初映画化となる本作では、原作小説の第1巻を基に、主人公の悠二と少女シャナとの出会いや、異世界から来た化け物・紅世の徒との戦いの始まりを描く。高校生の悠二は、人の“存在”を灯りに変えて喰らう化け物・紅世の徒に襲われたところを、紅蓮の髪と眼を持つ謎の少女に救われる。しかし彼は、自分がすでに“存在”していないことを知らされ……。

在天下失序、列强割据的战乱时代，僧人祥庵将一名孤儿从中国带到了日本。孤儿名叫仔太郎，他背负着一个惊人的秘密。与祥庵失散后，孤苦无依的仔太郎带着爱犬飞丸前往赤池之国的万觉寺，在途中遇见了神秘剑士“无名”。仔太郎遭到追杀，危急时刻无名救了他一命。从此两人结伴同行。性格乖僻的浪人和紧闭心扉的少年虽然磕磕碰碰不断，但渐渐成了好朋友。　　白鸾率领的追杀组织还是抓住了仔太郎，他们开始着手筹备某种仪式。金发碧眼的剑士“罗狼”也是追杀组织中的一员，他虽然听命行事但并不真正在意组织的目的，对他来说，寻找可以与自己匹敌的对手才是生命的意义。罗狼与无名之间的生死对决拉开了帷幕……

草薙素子之后，巴特与侦探出身的陀古萨结为搭档。近期发生多起机器人偶杀害主人继而自杀的事件，由于受害者家属均无公诉，且死者中有政客与公安官员，于是公安9课派出巴特小组调查此案。杀人人偶皆为荒凉地带公司出品的哈德莉机型，应部分顾客要求，该机型同时具备异性玩伴的功能，巴特从荒凉地带公司出货官遇害入手，卷入与黑帮的战斗，期间有人入侵他的大脑，使其自残。　　巴特决定直奔荒凉地带总部，他与陀古萨拜访了择捉岛上的黑客基姆，后者布下系统陷阱，幸有素子提出警告避免陀古萨陷入控制。依靠基姆这条线索，巴特登上了荒凉地带公司设立在海上的工厂船，素子再次降临他的身边，与其并肩作战。

总有一天不论如何都要一起制作动画——上山高中动画同好会的5人向葫芦屋的甜甜圈如此起誓。她们毕业以后，分别在各自的岗位从事动画制作，并通过《第三飞行少女队》而接近了自己的梦想。　　4年后——。在动画的世界找到了自己的容身之所、逐渐成长起来的5人，开始面对新的苦恼和试炼。