没有血缘关系的都筑巧（冈本信彦 配音）和都筑乙女（佐藤聪美 配音）经营着一家生意惨淡的西点店“stray cats”，乙女天然呆和什么东西都喜欢往家捡的个性让巧十分头痛，同时，她制作糕点的技术和经营管理店面的技巧也给本身就岌岌可危的西点店雪上加霜。但是，在亲梅竹马泽文琴乃（伊藤加奈惠 配音）的帮助下，巧的日常还算是风平浪静。　　一切都在这一天发生了翻天覆地的变化，乙女居然捡回了一只外表怎么看都像是傲娇少女的“流浪猫”！“猫”的名字叫做雾谷希（竹达彩奈 配音），本来大叫着“丢掉她”的巧，却折服在了希在蛋糕制作方面的惊人手艺之下而将其留下帮忙。就这样，在一群损友的陪伴下，巧与流浪猫的快乐生活开始了。

位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。　　高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。　　而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。　　如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。　　他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。　　科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！

电击文库最畅销的轻小说《魔法禁书目录》曾在2008年10月由J.C.Staff改编成同名TV动画并大获好评，其外传《某科学的超电磁炮》也于09年10月改编成TV动画，相信不少观众早已拜倒在炮姐裙底的安全裤上。5月20日从日本著名的映像出版会社TSUTAYA传出了2010年秋天动画二期的图片。

自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。

高中女生朝雾彩，在学校中朝雾彩每天被同学欺凌在家中被哥哥虐待，在精神几乎崩溃之时，朝雾彩误打误撞的进入了一个「魔法少女网站」获得了魔法少女的手杖拥有了魔法力量，而在某天彩又被同学欺凌时使出了手杖的力量，同学突然从自己的眼前消失之后，同学出现在了一个远离自己的地方最后凄惨的死去。　　而这个魔法少女手杖的能力并非能够无限使用，使用一次使用者的寿命就会减少，当魔法少女手上的纹章完全消失时魔法少女就会死去。　　而在故事的设定中一共有 18 个魔法少女网站，有 18 个网站管理人也就是至少存在 18 位魔法少女，尽管女主角圣母属性爆棚因为意外的杀死了同学而负有罪恶感，但有其他魔法少女在抢夺手杖从而引发了魔法少女之间的争斗。

七濑武（宫野真守 配音）是一名看似十分淡漠，内心里也却是冷若冰霜的少年。曾经不堪回首的往事让他选择封闭自己的内心，不透露出丝毫的感情。虽然一直克制着自己的情绪，但七濑武又时时能够感受到内心里还在燃烧的火焰。一次偶然中，七濑武在校园里遇见了一名昏倒在地上的少女，善良的七濑武将少女带到了保健室，得知她名叫相羽六（东山奈央 配音）。　　让七濑武没有想到的是，他和相羽六的相遇彻底改变了自己的人生轨迹。相羽六在误打误撞之中将七濑武变为了魔法使。之后，七濑武的青梅竹马五十岛胡桃（濑户麻沙美 配音）、同班同学伊田一三（铃村健一 配音）和保健老师兵头七海等人纷纷拥有了能够使用魔法阵的能力。

位于东京西部的巨大“学园都市”。　　在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。　　在这样的学园都市君临能力者顶点的最强能力者·一方通行。他在仅有7人的“超能力者”当中也以远超其他人的能力位居第一，也因为这种力量而过着充满杀伐的日常。不断重复、脱离常轨的“实验”，以及在追求绝对力量的最后品尝到的败北。在那之后，随着与一位少女——最后之作的相遇，他的命运产生了巨大变化。　　最强而最凶的“恶”——一方通行，　　扫平学园都市的“黑暗”!!

イギリス・ロンドンにある、夜しか営業していない謎めいた喫茶店「カフェ・フォービドゥン」。イケメン揃いのその店の従業員には、大きな秘密があった。紅茶を愛する吸血鬼、陽気な人狼の料理人、無口なキョンシーのウエイター。そう、彼らは人の社会に暮らす、人ならざるものだったのだ。その「カフェ・フォービドゥン」に、ある日、ひとりの少女が迷い込んでくる。彼女の名は、バイルー・トン。なんと、彼女の曾祖母は「カフェ・フォービドゥン」の初代オーナーで、伝説の術者だった！　トンが巻き込まれたトラブルに「カフェ・フォービドゥン」の面々が関わる中、彼女とイケメン従業員たちとの間に様々な絆が生まれていき……。

イギリス・ロンドンにある、夜しか営業していない謎めいた喫茶店「カフェ・フォービドゥン」。イケメン揃いのその店の従業員には、大きな秘密があった。紅茶を愛する吸血鬼、陽気な人狼の料理人、無口なキョンシーのウエイター。そう、彼らは人の社会に暮らす、人ならざるものだったのだ。その「カフェ・フォービドゥン」に、ある日、ひとりの少女が迷い込んでくる。彼女の名は、バイルー・トン。なんと、彼女の曾祖母は「カフェ・フォービドゥン」の初代オーナーで、伝説の術者だった！　トンが巻き込まれたトラブルに「カフェ・フォービドゥン」の面々が関わる中、彼女とイケメン従業員たちとの間に様々な絆が生まれていき……。

故事发生在从10年前发生了的“同时多发无气力症”的灾难中恢复的未来型新兴城市绫风市。相隔10年之久，高中生神乡慎与弟弟洵在绫风市遇到了担任绫风市警察署长的哥哥谅。　　而这个时候，在绫风市正发生了各种各样的怪异事件。作为警察署长的神乡谅一直在追查着潜藏在这一连串怪异事件背后的神秘组织。而被卷入某件事件的神乡慎“persona”能力和形态觉醒过来。兄弟们的命运的齿轮现在开始转动……。