本剧讲述了现代女大学生意外穿越到古代书院后的校园故事。主人公吴芄芄在女扮男装进入书院后，与同窗好友唐文起、祁赡发生的一系列啼笑皆非的故事。以及他们共同努力，携手改变古时教育资源分配不公平等问题。几人勇敢对抗古代不平等的观念，共同创办私学，拒绝门第歧视甚至招收女子入学，不收取任何钱财，只为了人人有书可读。那怕中间有许多阳碍，但都被一一克服，最终所有人都被几人感化，他们的做法也逐渐取得了认同。并且成功的将现代教育观念融入进古代书院。

故事延续上一季，女神捕沈君夜升入京城后，跟随神捕司统领李成器，破获多起悬案，最后竟意外得知，李成器是自己的未婚夫婿路小白假扮。两人率领神捕司众人，与邪恶组织千刃斗智斗勇，历经艰险，终于将为祸不浅的千刃彻底铲除，有情人终成眷属。