本剧改编自同名漫画，讲述了因长着娃娃脸而自卑的大学生·樱庭唯纯被误认为未成年人，被警察天泽教育。唯纯给天泽看了学生证，才得以幸免，但后来在打工的便利店与天泽再次相遇。刚到附近派出所赴任的天泽成了便利店的常客，每次见到唯纯都会问他要不要吃夜宵……。对于这种亲昵的态度，唯纯一边觉得他“真是个混蛋”，一边担心他的饮食生活，不由得说“我去做饭给你吃吧？”为了亲自下厨而去了天泽的家——！？

牙鬼との激闘から2年、それぞれの夢に向かって旅立った6人は好天の三回忌をきっかけに再び忍術道場に集まった。そこへ突如現れた牙鬼の残党を相手にお互い成長した姿を見せ合うように妖怪を倒していく天晴達。中でもガシャドクロを生身で倒してしまう風花と霞の成長に驚く一同。なんとこの2年、2人は強さと人気を兼ね備えたアイドル忍者“ニンニンガールズとして平和を守っていたのだった!　　戦いを終え久々の再会を喜ぶ6人の前に「久しぶりね天晴」とまさかの人物、天晴と風花の母・桜子が現れた。しかも風花と霞を誘い“ニンニンガールズをプロデュースしているというのだ。さらに世界進出を考える桜子から“伊賀崎流の名前をかけて“ニンニンガールズと真剣勝負を提案される天晴、八雲、凪、キンジの4人は“ニンニンボーイズとして受けて立つこととなった。この試合もアピールの場として使おうとする桜子は、新メンバー・九重ルナの加入をサプライズ発表。さらにミドニンジャーシュリケンを勝手に与える暴走っぷり。そして数合わせとして旋風も加わり4対4の真剣勝負が始まった。　　時を同じくして、執念の復活を遂げた有明の方が萬月の復活と、真剣勝負を利用したニンニンジャーの分裂を企て暗躍を開始する――。　　果たしてニンニンジャーは再び世界の平和を守ることが出来るのか!