由於身懷特殊能力，一個名叫宮的女孩被僱傭兵追殺。在逃跑的路上，她碰巧遇到出生在忍者世家中的石動律花。這些忍者一直隱居在僻靜之地，石動律花和她的祖父兵衛，也就是忍者家族的首領，決定為宮提供庇護，但親眼看見父親被僱傭兵殺害的宮卻一心想要報仇…。

所谓“炼金术”，即通过不同组合产生“金”的技术。人工孕育“生物”的尝试亦作为神秘研究之一，种种实验将在不为人知的现代为舞台展开故事。本故事的关键在于纠合了炼金术中最高技术的产物“人工生命体（怪物）Chemy”，作为被保管在名为“Ride Chemy Card”的卡牌之中的101个生命体，Chemy为模仿蚱蜢、SL（蒸汽火车）等世上存在的万物所制造。　　但是，本应被慎重保管着的它们却突然从卡牌中冒出，一齐遭到释放。偶然被卷入该事件的主人公为高中生 · 一之濑宝太郎，被托付了假面骑士Gotchard的变身腰带“Gotchar驱动器”，与回收散落于世间的Chemy的使命。

寻找101体〈Chemi〉！ 　　新骑士是操纵卡片的〈炼金术师〉！！ 　　【假面骑士Gotchard】9月3日诞生！！ 　　101张卡片进行形态变换！？ 　　高中生一之濑宝太郎，前所未见的冒险故事。 　　围绕著人工生命体Chemi的战斗开始！！

校外旅行途中，乖乖女光子（特林德尔·玲奈 饰）所乘坐的巴士突然被一阵狂风拦腰切成两段，光子刚好俯身捡东西所以幸免于难，但是秋等伙伴全部被齐刷刷地切去了上半身。惊慌失措的女孩夺路狂奔，一路上目睹了无数人被神秘之风杀死的惨状。突然，她仿佛置身于灾难前的时光，惊魂未定的光子和秋等伙伴们一同上学，谁知针对高中女生的大屠杀接踵而至。逃亡途中，光子仿佛穿越了不同的时空，她一会儿是待嫁的新娘启子（篠田麻里子 饰）、一会儿又是参加马拉松大赛的泉（真野惠里菜 饰）。唯一不变的是，针对少女们的追杀从未停止……　　本片以山田悠介的同名小说为原案改编。