20世纪末，15岁的少年榊原恒一（阿部敦 配音）由于父亲前往海外公干的原因，于是来到亡母的家乡夜见山市，暂住阿姨三神怜子（宮牧美沙代 配音）家中等待转入新的学校。在此期间，他的旧病复发，入院治疗，某晚，恒一在空荡荡的走廊内邂逅一名穿着水手服、左眼戴着眼罩但阴气逼人的美少女，这似乎预示着一段不平凡生活的开始。病愈出院，恒一顺利转入夜见山北中学3年3班，同学们热情亲和，可是似乎对他隐藏着什么秘密，而且他也再次看见医院的那名眼罩女孩——同班同学见崎鸣（高森奈津美 配音）。当他尝试接近见崎时，殊不知自己已经无意间掣动了死亡的闸门……　　本片根据名本格派推理小说家绫辻行人的原著及经清原纮漫画化的原著改编。

楠木赖子（高桥美佳子 配音）是个14岁的初中生，在班上没什么朋友，但偶然得到班上极为耀目的美少女柚木加菜子（戸松遥 配音）的青睐，两人成为朋友，不料相约乘电车去看湖时飞来横祸，加莱子落下站台被列车轧成重伤。刑警木场修太郎（关贵昭 配音）调查此案，发现加莱子似乎有着神秘的重要身 份，同时以多摩为中心，整片地区陆续发现许多被分尸的尸体残块，关注整个事件的中禅寺敦子（桑岛法子 配音）、关口巽（木内秀信 配音）、鸟口守彦（浪川大辅 配音）为了写出内幕报道，调查中在森林中发现古怪建筑物，如巨大的匣子，一切谜底的最终还要靠京极堂（平田広明 配音）揭开……

公元2010年。全球规模的“超级飓风”使世界各国遭受了巨大的损失。已经膨胀到80亿的人口一下子减少了50亿，变成了30亿。经济和军事的均衡随之崩溃了。　　北美、俄罗斯、北欧被冰雪覆盖，平原地区沉入大海，世界地图突变，混沌时代来临了。日本政府在各地建立经济特区，获得了一定的复兴。预先开发的“力量辅助”技术为复兴作出了巨大贡献。但是，特区以外的地区，贫困不断加剧，贫民区不断扩大。统治阶级自称为“Logos”，将“力量辅助”技术转而用于军事。他们将贫困阶级称为“Levinas(孤立者)”，排斥他们。　　时光流逝，公元2035年。　　脱离了为监视“Levinas”，镇压“Logos”内部的叛乱分子而组成的特殊部队“幻影”的主人公葛城丈与伙伴鹤泽，与神秘的少女登戸沙那巧遇。围绕着沙那，各种人的思虑纷繁缠绕，故事向前发展。他们3个人前进的方向上，究竟有什么......

能说话、拥有自我意识的三辆交通工具型的机械生命体“炎神”。与喜欢破坏环境、制造污染公害的机械生命体蛮机族的三位大臣，在异世界 机械世界中交战。虽然炎神成功击退蛮机族，但是蛮机族的三位大臣却趁机从异世界 机械世界逃了出去。　　然后半年之后，人类所居住的地球突然出现了蛮机族，在地球环境被破坏殆尽之前，三位年轻人挺身而出。他们正是赛车手江角走辅、巴士司机香板连和卖早餐少女楼山早辉，半年前追击蛮机族的而来到地球的炎神，他们赐予三人正义的力量，让三人化身为对抗蛮机族的正义英雄炎神战队轰音者。

自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连结实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。　　到了四千年多后，在故事开始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件，在此次事件当中，米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消失，但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事件后，启动原始索哈尔（后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔）所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存在Y资料当中，而Y资料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。　　另一方面，在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年，也就是大约在游戏EPI开始的时候，当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义，进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和当时多使用合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员卯月紫苑，正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然启动，卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运的事件当中……

有着非凡的姿容，和卓越战斗力的少年·亚修。统领街头暴力团的他听到了，被手下所杀的男人在临死之际说出的“BANANA FISH”的神秘话语。与此同时，他与作为摄影师的助手来取材的日本少年·奥村英二相遇。两人决定一同追寻“BANANA FISH”之谜——

讲述了“柱”突然出现在地球上，威胁着各种生命。人类对其束手无策并被逼入绝境，此时成为“奥丁”的神向人类伸出了援手。奥丁将女武神“瓦尔基里”以及成为她们羽翼的英灵机作为反抗“柱”的手段授予人类，并宣言反击。　　数年后，在人类与“柱”持续战斗的天空中，身披战翼的女武神们以及支援者女武神的男人们，为了拯救世界而拼上性命翱翔天际。日本也不例外，与耸立于灵峰富士的巨大柱对峙的3名女武神。她们每个人都具备强劲的能力，但却都是些问题儿童。此时，一位王牌飞行员因某些缘由从欧洲前来……　　“来吧，是反击的时候了，人类。终将来临的决战之日——诸神的黄昏已近在眼前。”

天地混乱的混沌时代--有一块人和妖怪共存的土地，那里是文明和信仰之源--桃源乡。突然的异变和恐怖袭击了那土地，以往平稳生活着的的妖怪们失去了自我开始了暴走。异变的元凶是“将过去的大妖怪牛魔王给复活了”这件事。　　由于在这个世界上被禁忌着的科学和妖术，现在牛魔王的复活要被完成了，负波动覆盖着大地。　　看重这事态的天界，下达了请唐三藏去阻止牛魔王复苏实验的命令。同那不怕负波动的三人，孙悟空，沙悟浄，猪八戒一起前往遥远的西天·天竺国的旅行开始了。　　与此同时，在天竺国吠登城里，牛魔王复苏实验的策划者张本人，牛魔王的情人玉面公主，向红孩儿下达了除掉三藏一行的抹杀令。红孩儿是牛魔王的儿子，为了救出被玉面公主诅咒封印起来的母亲，同仰仗他的心腹一起发起了挑战。　　三藏他们能阻止牛魔王复苏实验，能使走向毁灭的桃源乡再次恢复和平吗？

《最游记》的原作是日本漫画家峰仓和也创作的冒险漫画。虽然使用了西游记中角色的名字，但剧情与西游记相差很多。本作动画是根据《最游记》系列的“Even a worm篇”改编，关俊彦、志保总一朗、平田广明和石田彰将分别为玄奘三藏、孫悟空、沙悟净和猪八戒配音。另外，远近孝一、小山力也和大冢芳忠也将参与配音。

玄奘三藏是河里飘来的弃儿，被金山寺的光明三藏法师抚养长大，也因此受尽了寺中僧侣的岐视。师父遇害使他的心灵受到了巨大打击，也由此养成孤僻叛逆的性格。三藏孤傲不羁，追求自由，不愿受到任何束缚，他想找到绝对的坚强和力量来守护自己重要的东西。他使用的武器是升灵枪，绝技为“魔戒天净”。　　总是紧跟着三藏的孙悟空是500年前从石头中诞生的奇异生命体，使用与灵活身手十分相配的如意棒作武器。他个性极其单纯，思维方式也简单直接，顽皮而贪吃，但当他除下额头上的妖力制御装置后却会完全失去理智，心中充满破坏与杀戮的欲望，成为极其危险的人物。他惟一不设防并深深依赖的人就是三藏，因为那是抚平他百年孤独的“阳光”。　　猪八戒是使用气孔术的高手，性格温柔和蔼，平易可亲。一直面带微笑的他心思缜密，考虑问题细致而全面，总是可以看穿别人的想法。但实际上，八戒与三藏一样同是人类，因为爱人被妖怪摧残而疯狂报复，致使自己也变成了妖怪。永远无法消除的罪与罚是他心上的一道不可弥合的伤口，在那温文的微笑之下，是渴望得到平复的悲伤。　　一头红发的沙悟净是妖怪与人类所生的孩子，因此被继母所厌恶。哥哥为了保护他而杀死了自己的母亲，使他认为自己才是真正的凶手而深深自责。从此悟净放浪形骸，成为好色且口无遮拦的浪子，但他仍是个爱打抱不平的豪爽男人。他使用的武器是带有锁链的月牙铲，虽然常与悟空斗嘴，其实还是很为同伴着想的。　　这组富有个性的角色引用了中国古典名著《西游记》中人物的名字，但却完全颠覆了原著中的形象，虽然故事背景设在古代，但他们的语言和行为与现代人无异，这使该片充满了后现代色彩。而人与妖相互混杂的四人各有自己内心的伤口，对其心理历程细腻的刻画，把观众带入一个感伤而又不失温情的世界。