2005年，经过多年的正邪之争，汽车人终于将霸天虎赶出地球。然而威震天却率领部众入侵了汽车人的总部塞伯坦行星，擎天柱留下通天晓等战士驻守地球，自己则带人马于塞伯坦旁边的两颗卫星建立秘密基地，计划对霸天虎施以致命一击。但是计划被霸天虎侦得，威震天率先对行星和地球的汽车人发起攻击。战斗中擎天柱不幸牺牲，威震天也伤势严重。　　弥留之际，擎天柱将领导模块传给通天晓。而邪恶的宇宙大帝为了摧毁阻碍自己的领导模块，拯救了被红蜘蛛背叛和抛弃的威震天，将其改造为更为强大的惊破天。汽车人和霸天虎新一代领导人相继浮出水面，正邪大战不断升级……

美军一名飞行员在南美洲的原始森林失踪了，那里盘踞着不怎么友好的当地游击队。美军特种兵少校达奇（阿诺•施瓦辛格 Arnold Schwarzenegger）率领部下亲自前往搜救。他们在森林里很快就发现了失踪的飞行员的尸体，死状恐怖。大家都认为那是当地的游击队干的，愤怒的队 员开始寻找当地游击队的基地，要为同伴报仇。　　然而当他们发现当地游击队的营地时，发现当地人也被一种恐怖气氛所笼罩着。随后，队员们相继被袭击身亡，但每次都没发现敌人的半个影子。对方就像凭空隐形了一样。孤身一人的达奇决心凭自己的力量面对这股神秘恐怖的力量……

当年那场惨烈的芝加哥大战，汽车人虽然成功击退了霸天虎的入侵，却也让地球人对他们失去了应有的信任与尊重。由美国中情局组建的“墓风”部队对所有的变形金刚进行无差别的猎杀，一时间汽车人和霸天虎全都在地球不见了踪影。某天，居住在得州的落魄机械发明家凯德·伊格（马克·沃尔伯格 Marky Mark 饰）买回来一辆破旧的卡车车头，谁知那竟是处在休眠中的汽车人首领擎天柱。嗅到气息的墓风部队蜂拥而至，苏醒后的擎天柱救走了凯德一家，也和散落在各个角落的汽车人相继取得联系。另一方面，疯狂的人类科学家从变形金刚的残骸中获知了他们变形的秘密，并企图借此制造出人造金刚，而脱胎自威震天的惊破天正是他们的得意作品以及催命死神。　　新一轮的危机卷土而来，地球面临更大的灾难……