全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。　　拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。　　“从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。　　在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！

全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——　　拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。　　在文明遭到毁灭的石之世界（STONE WORLD）里，千空决定要用科学的力量复原整个世界。而与此同时苏醒过来的有，以有着过人体力的儿时玩伴·大木大树为首的伙伴们，从零开始创造文明——　　从石器时代到现代文明，绝对要赶上这科学史的200万年差距！　　前所未闻的创世冒险谭，就此开幕！

少年.结希安杰一直无法融入环境，心中怀有强烈的孤独感。他在自己变得无依无靠后离开故乡，来到了崇拜的音乐家活跃的城市原宿时，碰上了视觉系乐团“ECLIPSE”和“LOS†EDEN”的LIVE对决。活力四射的舞台表演令他震撼不已之时，安杰却突然感受到一股剧烈的痛楚——

穗村玲子（桥本千波 配音）是一名个性稍微有些内向的女高中生，在转学去了新的学校之后，玲子发现自己的性格导致自己久久无法融入班级圈子里，感到稍稍有些孤独。最近班上流行着名为“WIXOSS”的卡牌游戏，玲子希望以此为契机能够拉近自己和同学们之间的距离，于是走进商店买了一组卡牌。　　让玲子没有想到的是，在打开卡牌的一瞬间，牌面上的立绘少女莉露（伊藤静 配音）动了起来，原来，玲子被卷入了一个以记忆为赌注的游戏之中。她的全部记忆被浓缩封印到了五枚硬币之中，这就是她手上的全部筹码，玲子要利用这五枚硬币和其他的参与者进行对决，如果失败了，她将会失去所有的记忆。

本田透（堀江由衣 配音）是一名单纯善良的女子高中生。母亲过世后，无处可去的她在误打误撞之中住进了校草草摩由希（久川绫 配音）的家中。草摩由希家里有十二口人，很快，本田透就发现了他们身上的秘密。原来，草摩家族里流传着一个诅咒，那就是他们每个人都对应着十二生肖里的一种动物，另外一个，则是猫妖。　　个性冷淡，非常内向的草摩夹（关智一 配音）、幽默风趣的草摩紫吴（置鲇龙太郎 配音）、活泼可爱积极乐观的草摩红叶（斋藤彩夏 配音）、有着复杂过去的草摩波鸟（井上和彦 配音），在知道了这些表面开朗的人们背后隐藏的伤痛后，本田透会怎样给予治愈呢？

透が紫呉の家に住み始めてから一年が経とうとしていた。　　由希と夾だけでなく草摩家の皆とも交流を深めてきたが、　　今も気になるのは忌まわしき『呪い』の正体。　　進むべき道、決められた宿命、　　終わりなき――十二支の――宴を前にして　　由希は、夾は、そして透は何を想い、何を決意するのだろうか……。

透が紫呉の家に住み始めてから一年が経とうとしていた。　　由希と夾だけでなく草摩家の皆とも交流を深めてきたが、　　今も気になるのは忌まわしき『呪い』の正体。　　進むべき道、決められた宿命、　　終わりなき――十二支の――宴を前にして　　由希は、夾は、そして透は何を想い、何を決意するのだろうか……。

“即使如此人们还是不得不扪心自问、仔细斟酌……”　　尖端岛是一个被油泥海包围着的小岛。　　小岛因70年前发生的战争而被“南大陆自由圈”接管，アキユキ（男）与母亲一起在小岛上生活。　　父亲经营着一间小诊所，过着与母子两人的分居生活。　　某日，アキユキ与好友ハル以及フルイチ在上学的途中被卷入了一起爆炸事件。　　爆炸中，アキユキ的手臂遭到了爆炸物射出的神秘光线的照射，变身成了名为“ザムド（Xam'd）”的怪物。　　就在此时，名为ナキアミ的红发异国少女出现在因丧失自我而四处暴走中的Xam'd面前……　　阻止Xam'd的暴走后，ナキアミ将アキユキ带上了国际邮船ザンバニ号。　　アキユキ为了今后能够控制Xam'd的力量并回到尖端岛，与ザンバニ号上结识的伙伴们一起开始了环游世界的旅行。

海涅（植田圭辅 配音）拥有着小巧的身材和可爱的外貌，身为一个完完全全的普通人的他，既没有显赫的身世撑腰，亦没有受过什么高等的教育，却在意想不到之中被选中成为了“王室教师”。他的任务是从四位个性迥异的王子中选择可塑之才，将其培养成为继承王位的候补者。　　拥有着比女子还要秀美的容貌却生活在深深的自卑之中的莱恩哈特（广濑大介 配音）、满腹诗书个性固执而又极端的布鲁诺（安达勇人 配音）、开朗乐观平易近人的里希特（苍井翔太 配音）、外表冷峻令人无法接近实际上却喜欢可爱的东西的凯（安里勇哉 配音），这些并不服从管教的熊王子们会给海涅出怎样的难题呢？

在某个时间点的日本，突然出现了文学书全部被染黑的怪异现象。 这是由书中带着负面情绪诞生的“侵蚀者”所导致的灾难。 被侵蚀的文学书，会逐渐地从人们记忆中消失，最后变得像是从一开始便不曾存在过一样。 于是，有特殊能力的“炼金术师”作为特务司书被派遣至图书馆， 为了对抗破坏书 中世界的“侵蚀者”、为了守护文学，与转世的文豪们一起战斗。