富商宋金荣与保险巨头吴家结怨，为了报复吴家，他特意将自己收藏的旷世奇珍——可兰经公开展览，并向吴家买了巨额保险。宋金荣找到了神偷卓非凡（泰迪罗宾 饰），要求他盗取可兰经，以此迫使吴家破产。卓非凡觉得偷取可兰经十分好玩，就答应了宋金荣；另一方面，吴老板的义子陈查理（刘德华 饰）身手不凡，为了万无一失，他亲自负责可兰经的保安工作。同时，神枪手马如龙亦想将可兰经弄来送给女友，以讨女友欢心。一场争夺可兰经的游戏开始了。

有小男人绰号的玩具设计师罗友弟,偶遇一专爱说谎的富家女阿贞,她自称是问题少女,正被黑社会逼害,罗出于正义感,决定帮助她解脱困难,重新做人。　　友弟常受同事前度女友阿丽和老板娘阿珍的欺凌，阿贞鼓励他辞职，辞职后他们同在快餐店当售货员。　　贞父见友弟能使骄横的女儿刻苦自立，大为高兴。他知友是一玩具设计师，乃收购一玩具公司交他主理。贞父的跟班米高对友弟嫉妒，讥讽他靠富家女发达，没她不能生存。他因此不再和阿贞来往。她千方百计仍不能挽回二人感情，乃气愤地和他绝交。其后友弟知中了奸人圈套向阿贞施苦肉计，二人和好如初。

吕菁生长在一个黑社会的家庭，父亲吕龙在江湖上甚至有地位，大哥娶妻生子，然而风流成性，二哥义火爆，幸好二嫂为人冷静机智，常从旁协助，三哥勇娶了一个日本女郎做妻子，鸡同鸭讲，常产生笑话。此外，吕菁还有一个四姐莺泼辣冲动，与父亲的妾侍兰姨及其女儿常生摩擦。而母亲与兰姨的关系良好。吕菁一直在英国读法律，结识石子傲，很快就坠入爱河。结婚后决定回港渡蜜月，也因为她这次回来，为吕家带来一场浩劫。一天晚上，当吕龙和两个儿子一起欣赏京戏时，杀手掩至，戏院内发生剧战，二哥，三哥护着父亲撤退，结果中伏，三哥和父亲当场丧命，二哥亦身受重伤。与此同时，大哥与情妇偷欢时遇害……

江湖从来就是非横生。自从如来天尊（曹达华 饰）自创了威力无穷的如来神掌后，武林中的各门各派都虎视眈眈，天尊不胜烦扰，将如来神掌和火云战衣传与了徒弟古汉魂（万梓良 饰）后，圆寂过世。从此古汉魂自称火云邪神，在武林上大开杀戒，引发了一场武林浩劫。一晃眼二十年过去了，古汉魂早已退隐多年，一日他从悬崖底救起了因和师傅女儿（余安安 饰）相恋而被师傅击下山崖的青年龙剑飞（尔冬升 饰）。古汉魂将他毕生所学都传与龙剑飞，让他穿上火云战衣，代表火云邪神重出江湖。从此江湖又将不得安宁！

赌王雷天在赌术大赛中因对手“赌花”上官飞花（宫雪花 饰）出千而失利，心有不甘的雷天自杀身亡。雷天在警队中的好友华叔于公于私都有惩治上官飞花的理由，于是请犀牛皮（冯淬帆 饰）召集其他几位福星罗汉果（曾志伟 饰）、大山地（吴耀汉 饰）和花旗参（苗侨伟 饰）参加赌术特训，以期能够战胜上官飞花。雷天之女雷慧琳（冯秀燕 饰）及其替身也一同受训，鹧鸪菜（洪金宝 饰）因受伤不能参加委托少林僧人清补凉代替。众位福星在赌术老师（郑佩佩 饰）和千王（陈百祥 饰）的调教下进步神速。华叔见时机已到，派出众福星和雷慧琳内应外合盗出上官飞花财产，并通过新一届赌术大赛要上官飞花身败名裂……

排长（郑则仕 饰）与阿英（许冠英 饰）乔装赶尸道人，与五名扮成僵尸的同伙夹带鸦片贩卖路经马祥坪。独霸一方的苗老爷为强占歌女害死琴师阿昌，威逼利诱托排长携尸体出城。七人出城进入原始森林，不慎将尸体遗落于硫磺沼泽，众人将错就错，寻至客店安歇。　　当晚一名同伙遇害，乡民传言厉鬼作祟，排长与其余五人搜集大蒜等物赴荒郊祛鬼，经由古墓内的几番交手，排长等人一败涂地。排长与阿英逃得性命后折返马祥坪向苗老爷报信，始知厉鬼动机只在向苗老爷寻仇，排长眼见助阵道士斗法厉鬼失败，趁机施计要挟苗老爷，反被对方制服，充作与厉鬼决战时的肉饵……

30年代的香港，社局动荡，黑帮林立。香港大亨胡老头这日找到私家侦探哎吆（林子祥 饰），要求其调查胡太太，因为他觉得胡太太这些天表现奇怪。哎吆调查后发现，原来是坏蛋神父卡邦派（麦嘉 饰）人勾搭上了胡太，意欲偷取胡老头价值连城的股票。他们这一计划遭哎吆撞破后，四处追杀哎吆。　　哎吆亡命之际，又发现了胡老头其实并非什么香港大亨，只是一名老千，他来香港的目的就是要骗卡邦等流氓的钱。胡老头邀请哎吆入伙，一起设局骗卡邦。和好友探长罗宾（泰迪•罗宾 饰）商量后，哎吆决定来个将计就计。

某疯狂科学家（乔宏 饰）因儿子感染艾滋病死亡而精神失常，他命令助手四处绑架同性恋者带到私人货柜船龙宝号上进行活体实验。警局督察长发叔（曹达华 饰）先后派人数次登船搜集证据，最后皆以失败告终。　　在夜总会演杂耍的石罅米（石天 饰）自幼研习武功，成年后进入特种大队，却因被指控有虐待倾向而离开警队，永不叙用。如今他独自抚养三个孩子，生活倒也快乐。某晚演出时，他和好友老虎仔（林振康 饰）目睹并插手一起绑架事件。由此将麻烦引到自己身上，而另一方面，发叔发现石罅米和一与疯狂科学家有勾结的日本人容貌相似，遂拟定了一个计划……

舞女阿如（吴君如 饰）是个烂赌鬼，她借姐妹们的钱高价赌马，结果输了个精光。走投无路之下跑到最好的朋友阿娥（江欣燕 饰）的住处筹款，并以死相威胁。偏巧阿娥被男友骗尽钱财，绝望至极遂决定与阿如同赴黄泉。阿如极不情愿地与好友尝试用各种方法自杀，然而都以失败告终。最后阿娥希望跳楼自尽，盲打误撞阿如却自己栽了下去。　　另一方面，某黑帮头子求神婆从马来西亚收来一个女鬼，在追杀组织内部的卧底时不慎将巨额钞票和封印女鬼的瓷盅扔出窗外，刚好掉在侥幸逃生的阿如的怀中。对阿如来说，这简直是飞来横福……

金刚（许冠杰 饰）与光头佬（麦嘉 饰）在一次泰国的任务中不欢而散，自此分道扬镳各奔前程……时间一晃三年，国宝兵马俑与秦皇宝剑在赴港展出的路上被白手套一伙施调包计窃走，自称“新最佳拍档”的飞贼姐弟（利智 张国荣 饰）再由白手套手中夺走宝剑，并高调登报嫁祸于最佳拍档。一时间，大陆方面派出的中国蓝波（李元霸 饰）与白手套等人均认为退出江湖的最佳拍档是夺剑人，对金刚和光头佬展开连番追捕。最终两个老搭档终于澄清误会，联合飞贼姐弟接受大陆方面的艰苦训练，以期能够为保护国宝而战……　　本片是《最佳拍档》系列电影的第五集。