日高梦见（相泽舞 配音）是一个平凡的少女，在她的内心深处隐藏着一个不为人知的的秘密，在广阔无垠的天空之中，梦见有时能够看到不可思议的岛屿漂浮其中，然而，能够看到此番景象的，似乎只有她一人。　　某日，一位名叫穆恩特（小野大辅 配音）的红发少年突然出现在了梦见的面前，原来，这个世界分为“天上界”和“地上界”两个部分，而穆恩特就来自于天上界的魔导国。长久以来，一股奇妙的力量维系着两个世界的平衡，维持着两个世界的运转，如今，这股力量渐渐枯竭，天上界因此而陷入了混乱，照这样发展下去，迟早有一天，灾难会波及地上界，而梦见，就是拯救这一切的唯一人选。

阳光明媚的一天，盛大的B级美食嘉年华在春日部市召开，野原新之助（矢岛晶子 配音）看到新闻后兴奋非常，于是和樱田妮妮、风间彻、代全林、佐藤正男等好朋友们商定，偷偷前往嘉年华大饱口福。与此同时，B级美食嘉年华举行的消息也传到所谓的A级美食机构。该机构最高负责人满美食大人（中村悠一 配音）对B级食物充满鄙夷，他决定彻底摧毁这些下等吃食。未久，A级美食的飞船飞临嘉年华，对底层料理手艺人进行无情驱逐。为了挽救B级美食，炒面阿健决定启用传承已达五十代的秘制酱汁。阿健的相好红子走投无路，将酱汁罐子交给春日部防卫队的各位。　　小新和朋友们无意间承担起包围B级美食的重任……

延续TV版的主线剧情，继续讲述从战场回来的少女薇尔莉特·伊芙加登为了理解“爱”的含义而从事为有需要的人们写信传情的工作。薇妹一直挂念的少佐的下落大概率会在这部剧场版中讲述。

距圣诞节仅有8天时间，SOS团在凉宫春日的号召下，不出意料地策划了一场圣诞狂欢派对。但就在12月18日这天早晨，阿虚却发现周围的世界有了些许变化。1年9班消失不见，朝比奈学姐视其形同路人，甚至早已死去的朝仓也代替凉宫春日坐在了阿虚的后面，而春日则如同人间蒸发一般无人知晓。当他冲向SOS团的教室时，只看到了孤零零坐在角落里看书的长门有希，一向淡定自若、冷如冰霜的长门大神也变成了怯懦害羞的乖乖女。从前一日长门留下的蛛丝马迹中，阿虚判断出这个世界似乎被某人重组了一番。　　此时的阿虚，握有连接两个绝然不同世界的钥匙，他面临着重大的选择……