ビビリで、泣き虫なヘタレ人間教師 安倍晴明あべはるあき。 　　そんな彼の新しい赴任先が決まる。孤島にある妖怪たちの学校、その名も“百鬼学園”！ 　　個性溢れる妖怪生徒に驚かされ、 　　そして逆に妖怪生徒たちに驚かれながら、晴明の奇妙でにぎやかな学園ライフが始まる！ 　　ゆるく、熱く、ゲスく、騒がしく、そして涙誘う…！ 　　そんな感情のシャトルランな 愉快×痛快×妖怪学園コメディ！

TVシリーズ化もされた人気カードゲーム・コミック「遊☆戯☆王」の劇場版第3弾。カードバトル・デュエルによってネオ童実野シティを守っている不動遊星は、世界の破滅を目論む未来から来た謎の男・パラドックスに自分のエースモンスターであるスターダスト・ドラゴンを奪われてしまう。遊星は時空を超え、カードの精霊の力を使うことができる遊城十代を訪ね、そこで事件の真相を知る。2人は伝説のデュエリスト・武藤遊戯と力を合わせ、パラドックスとの壮絶なデュエルに向かう。