1962年10月14日，一则由飞临古巴上空U-2侦察机所拍摄照片中透露的情报信息，引发了一场当时世界两大超级大国美国与苏联之间的空前危机。美国情报官员在这组情报资料中发现，苏联正在距离佛罗里达不到150公里的古巴首都哈瓦那西南的圣克利斯托瓦尔修建基地，部署中短程导弹和运 载核武器的伊尔-28重型轰炸机，这些导弹足以摧毁全美各大城市并且造成重大伤亡。全美上下陷入极度恐慌之中，也将整个世界推向了核灾难的边缘。总统约翰·肯尼迪（布鲁斯·格林伍德 Bruce Greenwood 饰）和其弟罗伯特·肯尼迪（斯蒂文·卡普Steven Culp 饰）沉着应对这场一触即发的核战危机，影片透过白宫高级特别助理肯尼斯·奥唐纳（凯文·科斯特纳 Kevin Costner 饰）之眼，再现了危机重重的惊天十三日。

一个变态杀手的出现让城市陷入了恐慌之中，杰克（丹尼斯·法里纳 Dennis Farina 饰）和他的心理学家朋友威尔（威廉·彼德森 William L. Petersen 饰）展开了对案件的调查。很显然，凶手的智商极高，因为在案发现场他没有留下任何线索。陷入了僵局中的杰克和威尔决定像汉尼拔（布莱恩·考克斯 Brian Cox 饰）寻求帮助。　　汉尼拔是一个臭名昭著的罪犯，目前被警方关押，在汉尼拔的牢房里，狱医发现了一封来自凶手的信，种种迹象表明，尽管身陷囹圄，但汉尼拔和凶手依然保持着联系。通过破解信件上的密码，一个惊人的消息被公之于众，凶手的下一个犯罪目标不是别人，正是威尔的妻子和孩子。