市立见泷原中学，又迎来平静祥和的一天。就读于二年级的女孩鹿目圆（悠木碧 配音）和朋友美树沙耶加（喜多村英梨 配音）、志筑仁美（新谷良子 配音）尽情讨论恋爱的话题，享受少女的快乐青春。这时班上转来了名叫晓美焰（斋藤千和 配音）的新生，这个带着些许神秘气质的女孩让小圆颇感疑惑。与沙耶加下学回家路上，小圆听到呼救声，声音来自一只浑身伤痕累累的未知生物，而追杀它的正是晓美焰。危急时刻，她们得到同为见泷原中学学生的魔法少女巴麻美（水桥香织 配音）的帮助，进而得知那只名叫丘比的生物有能够帮助人变成魔法少女的能力。少女们无意间开启了通往另一个世界的大门……　　本片为魔法少女的剧场版，分三部上映，由TV版12话重新编集而成。

来自异次元的种族MU占领了东京，并将城市隐藏在巨大的防护壁之后，他们欺骗在东京生活的人们他们已经成为世界上仅存的人类。在防护壁之外，名为“TERRA”的反MU组织声势渐渐壮大。某日，在同MU激烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，并且成为了它的驾驶者。　　在神秘女子的紫东遥（久川绫 配音）的带领下，绫人来到了防护壁之外，加入了TERRA，并且在那里遇见了名为如月久远（桑岛法子 配音）的女子。MU组织对TERRA发起了进攻，当TERRA的存亡陷入危机之中时，绫人再一次驾驶着Rahxephon，成为了这个组织的救世主。

柔泽十（细谷佳正 配音）是一个外表凶恶的金发不良少年，但在内心里，十对自己的个性和所作所为十分厌恶。某一天，十突然被一个自称与他有着前世羁绊的叫做堕花雨（広桥凉 配音）的诡异少女缠上了。雨是一个标准的电波女，喜欢漫画和手办，常年用刘海遮住脸孔。对于雨的强烈攻势，十一开始十分抗拒，但随着雨的锲而不舍，十渐渐接受了雨神出鬼没的存在。　　说来也怪，自从雨出现后。在十的身边开始发生一些诡异残酷的连续杀人事件，而解决事件的线索均指向了行为怪异的雨，这让十不得不开怀疑其雨的身份来。随着调查的深入，十发现，真相果然与雨有着千丝万缕的联系，而其中蕴藏着的，是有关人扭曲人性的悲哀的故事。