故事延续上一季，女神捕沈君夜升入京城后，跟随神捕司统领李成器，破获多起悬案，最后竟意外得知，李成器是自己的未婚夫婿路小白假扮。两人率领神捕司众人，与邪恶组织千刃斗智斗勇，历经艰险，终于将为祸不浅的千刃彻底铲除，有情人终成眷属。

讲述了孙悟空在护送唐僧西天取经的途中信念动摇、杂念徒生，最终在经历一系列事件后，坚定目标、化解信念并再次上路的故事。

二十年前，大巫祭率暗黑一族侵袭人族，战神张赤炎不惜牺牲自己唤醒战神剑，才得以击退暗黑族。而今，黑暗力量再次苏醒，大巫祭蠢蠢欲动，为阻止这场浩劫，战神之子张珂、云柃、福喜踏上再次唤醒战神剑的旅程，云柃与张珂在杀机四伏的路途上互生情愫，张珂也在战斗中成长为新的战神，并在终极大战中唤醒战神剑，手刃大巫祭，带领人族消灭了暗黑力量。

大宋淳祐七年，钦州灵龙镇灾患频现，民间谣言乃蛟龙作祟，需将童男童女投入锁龙井喂食蛟龙方能得享安宁。祭祀恶俗持续多时，不知多少无辜孩童葬身龙腹，灵龙镇哭声震天，家有幼童者皆人心惶惶。新科进士庄严担任主簿后，坚持进入锁龙井调查蛟龙事件，却不想竟因得罪龙王而锒铛入狱。灵龙县仵作小宛为救心上人，不远千里求请已金盆洗手的宋慈出山查明真相。案件疑点重重，宋慈和小宛联手突破重重难关，终于赶在庄严被斩之前查明真相，庄严得以平反，小宛也在众人的见证下正式向宋慈拜师学艺。然而眼看灵龙镇逐渐恢复平静，宋慈却发现原来真相并没有他想象中那么简单。