真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？

故事发生在遥远的未来，彼时，人类早已经开始向月球移居，然而，移居到月球上的人类，和留在地球上的人类之间产生了无法调解的矛盾最终爆发了激烈的战争，最终，在月球上生活的人类同地球彻底划清了界限，建立的自己的国家，两颗星球之间完全属于断联的状态。　　一晃眼几百年过去，月球和地球之间的关系好不容易得到了缓和，两者之间建立了“满弦崎中央联络港市”作为联络的渠道。朝雾达哉（千叶进步 配音）是一名平凡的青年，就读于满弦崎大学附属的卡特琳娜学院，达哉自幼失去了父亲，和姐姐沙也加（本山美奈 配音）、妹妹麻衣（安玖深音 配音）一起过着相依为命的生活。一天，沙也加告诉达哉，月球的公主要来地球拜访，而他们的家则成为了公主的暂住地。