《神兽金刚之青龙再现》延续《神兽金刚》系列动画的故事背景，讲述了神兽战队为保卫地球，与外星球黑暗势力咒冥帝作战的故事。一直觊觎地球水资源的咒冥帝，召唤出地球上的远古巨兽——肥遗兽，发动了更大规模的掠夺攻势，但神兽战队的5位成员，青龙超人叶辉、麒麟超人林聪、白虎超人张力、 朱雀超人赵燕和玄武超人陈锋各显神通，开始了新一轮战斗。

平衡的九重天崩陷为九大天锥降临世界各地，无数人类被吸入其中。九重天的守护神被邪恶力量侵蚀控制，肆虐地球。为解救危机，神兽战队艰难与之抗争，得到希望元神的认可，获得力量，勇闯九重天，经历奇幻冒险和重重考验，凭借坚强意志和内心正义，打破黑暗军团的阴谋，最终修复九重天，拯救了人类和地球。