旧日的旅程画上了终点，新的旅程即将拉开序幕。近日里，创界山很不太平，怒鸣神家族蠢蠢欲动，开始收集起了创界山人民的善心，一场精心策划的阴谋正在酝酿之中。战部渡（田中真弓 配音）亦不能幸免，丢掉了善心，因而变成了调皮捣蛋的熊孩子，火美子（林原惠美 配音）和武一郎（西村知道 配音）得知此事找到了战部渡，将他从龙神町带回创界山。

真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？

故事发生在云集着优雅大小姐的私立贵族学校藤崎女子中学，人称“野性的丽人”的仓桥莉子（沼仓爱美 配音）有着男孩子般狂野以及正义感十足的个性，某一天不小心撞破了学生会会长真木夏绪（赤崎千夏 配音）的秘密。这个长得漂亮、头脑聪明的会长“藤姬大人”，不仅是老师的得力助手，还是众人憧憬的对象，实际上她却在学生会室里日以继夜地进行“恋爱研究”！因为被真木拜托，莉子当上了学生会会长助理，每天和真木进行恋爱研究与实践。个性过于害羞经常躲起来、因此成为妖精般的存在的学生会书记棚桥铃音（水濑祈 配音）也加入了她们。　　学生会原会长榎本结子（佐仓绫音 配音）和原会计水嶋沙依理（大地叶 配音）化解了与真木她们的矛盾后，也加入了“恋爱研究所”。五名个性迥异的少女，就此展开了恋爱研究活动！